IUBio GIL .. BIOSCI/Bionet News .. Biosequences .. Software .. FTP

hi!<br>
here is the link to Dan Nettleton's (Iowa State University) workshop,
it contains slides with basic exlpanations for both two-color and
affymetrix micraorrays from the technology they use till deep
statistical analysis (normalizing, tmulti-tests, clustering, ...).<br>
<a href="http://www.public.iastate.edu/~dnett/MicroShortCourse/workshop.shtml">http://www.public.iastate.edu/~dnett/MicroShortCourse/workshop.shtml</a><br>
have fun!<br>
<br><br><div><span class="gmail_quote">On 1/24/06, <b class="gmail_sendername"><a href="mailto:arrays-request@oat.bio.indiana.edu">arrays-request@oat.bio.indiana.edu</a></b> &lt;<a href="mailto:arrays-request@oat.bio.indiana.edu">
arrays-request@oat.bio.indiana.edu</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Send Arrays mailing list submissions to
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:arrays@net.bio.net">arrays@net.bio.net</a><br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.bio.net/biomail/listinfo/arrays">http://www.bio.net/biomail/listinfo/arrays
</a><br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:arrays-request@net.bio.net">arrays-request@net.bio.net</a><br><br>You can reach the person managing the list at<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:arrays-owner@net.bio.net">
arrays-owner@net.bio.net</a><br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than &quot;Re: Contents of Arrays digest...&quot;<br><br><br>Today's Topics:<br><br>&nbsp;&nbsp; 1. 1-colour vs. 2-colour arrays? (Jose McNach)
<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: 23 Jan 2006 10:34:26 -0800<br>From: &quot;Jose McNach&quot; &lt;<a href="mailto:josenet@tiscali.co.uk">josenet@tiscali.co.uk
</a>&gt;<br>Subject: [Arrays] 1-colour vs. 2-colour arrays?<br>To: <a href="mailto:bionet-molbio-genearrays@moderators.isc.org">bionet-molbio-genearrays@moderators.isc.org</a><br>Message-ID: &lt;<a href="mailto:1138041266.280407.24190@z14g2000cwz.googlegroups.com">
1138041266.280407.24190@z14g2000cwz.googlegroups.com</a>&gt;<br>Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br><br><br>I've been using cDNA spotted arrays for a little while, and now we're<br>at a point where we'd like to make use of certain arrays provided by
<br>Nimblegen, which are essentially Affymetrix style (only created with a<br>slightly different technology) and I'm trying to familiarise myself<br>with the different way to normalise and analyse data in this system...<br>
<br>This prompted the question to me... actually two questions:<br><br>1) what would make someone choose one or another method?<br><br>2) why doesn't anyone use two colour hybs on Affymetrix style arrays?<br><br><br>1-colour systems seem efficient when one wants to compare a reference
<br>or two with many different samples. Also one avoids the dye-bias<br>issue... Is there anything else important that I am missing? why not<br>use 2-colour hybs also on Affymetrix type chips? are all the Affymetrix<br>scanners 1-laser only?
<br><br>I've been doing a little google search but I don't seem to find<br>conclusive answers...<br><br>Jose<br><br><br><br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>Arrays mailing list
<br><a href="mailto:Arrays@net.bio.net">Arrays@net.bio.net</a><br><a href="http://www.bio.net/biomail/listinfo/arrays">http://www.bio.net/biomail/listinfo/arrays</a><br><br>End of Arrays Digest, Vol 4, Issue 1<br>************************************
<br></blockquote></div><br>

Send comments to us at archive@iubio.bio.indiana.edu