Programs for 3D viewing of biological structures?

Amado Caride Castro acaride at arrakis.es
Thu Sep 24 19:16:05 EST 1998


Antonio R. Franco escribió en mensaje <35f90600.15139561 at news.cica.es>...
>I am using RasMol to visualize the 3D structure of biological
>molecules, such as DNA and protein in my PC computer.
>
>Is there any other program around?. I am interested in any PC  or UNIX
>program equivalent to the "XRay Viewer" program you can use in the
>Macintosh platform
>
>Antonio R. Franco
>University of Cordoba
>Spain
>


Hola,

De todos los programas de libre distribución, para la visualización 3D de
estructuras moleculares, los que yo te recomendaría son:

WebLab Viewer         (Pc, Mac y PowerMac) (altamente recomendado) y
MolMol                      (PC, Mac ??, UNIX)

Este último, te permite exportar las imágenes en formato *.POV, para poder
añadir luces, sombras, texturas, transparencias, y una gran variedad de
"aditivos" desde programas como POV-RAY (igualmente de libre distribución).
Con este programa puedes crear imágenes realmente impresionantes, que puedes
copiar y pegar en cualquier fichero (incluido PowerPoint :-))))) )
Estos son los programas que más me gustan; tanto por la calidad y variedad
de los modelos de representación, como por su capacidad de visualización.

Otro programa "decentillo" es el Swiss-PdbViewer.


Tengo que hacer una mención especial al VMD. Este programa es una pasada
(por lo que he leido), pero hasta mediados del 99, no habrá una versión para
PC.
Las plataformas que soporta son.

RedHat Linux 5.0, Mesa
SGI IRIX 5.3 and 6.x with Iris GL
SGI IRIX 5.3 and 6.x with OpenGL
Sun Solaris 2.5.1 (all platforms) with Mesa
Sun Solaris 2.6 (UltraSPARC only) with native Sun OpenGL
Hewlett-Packard HP-UX 10.20 (all platforms) with Mesa
Hewlett-Packard HP-UX 10.20 (PA-8x00 only) with native HP OpenGL
IBM AIX 4.3 with native IBM OpenGL
IBM AIX 4.2 and 4.3 native IBM Mesa
DEC Alpha running Digital Unix 4.x with native DEC OpenGL

Bueno me dejo de rollos; te recomiendo que visites esta dirección:

Free Molecular Visualization Software:
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/othersof.htm

POV-RAY
http://www.povray.org/

http://www.mol.biol.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/gallery.html  Ejemplos
de imágenes combinando MolMol con POV-RAY

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/  Base de Datos de estructuras 3D
en formato *.PDB  (formato reconocido por RasMol, WebLab, MolMol,
Swiss-PdbViewer, etc). Si de una proteína se conoce su estructura 3D, la
encontrarás aquí.

Si tienes alguna duda, no puedes conseguir estos programas, o simplemente
quieres intercambiar información, ya sabes donde estoy.

Un saludo


Amado Caride Castro
acaride at arrakis.es (casa)
Área de Bioquímica y Biología Molecular
Facultad de Ciencias
Universidad de Vigo








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