IUBio GIL .. BIOSCI/Bionet News .. Biosequences .. Software .. FTP

<BASE HREF="http://www.wadsworth.org/spider_doc/spider/vrml/uncomp/">

<HEAD>
<TITLE>3D Model Gallery</TITLE>

<IMG SRC="title.gif" WIDTH=447 HEIGHT=58 ALT="3D Model Gallery">
</HEAD>

<P>
<BODY BACKGROUND="backg1.gif">
<P>
Click on an image to access the VRML models. A VRML viewer such as WebSpace or 
CosmoPlayer is required. Models are in VRML 1.0 format<P>  
<HR>

<A HREF="mito/mito.wrl"><IMG BORDER=2 SRC="mito/mito.gif" ALIGN="LEFT"></A>
<h3> Rat Liver Mitochondrion (1.75Mb)</h3>
The outer membrane (magenta) surrounds inner membrane (red)
Cristae which branch off from the inner membrane are shown in various color.  
The mitochondrion was reconstructed from a thick section of tissue using
double-tilt electron microscopy tomography with
<A HREF="http://www.wadsworth.org/spider_doc/spider/docs/spider.html">
SPIDER</A> software,  followed by contouring with
<A HREF="http://www.wadsworth.org/spider_doc/sterecon/index.html">
Sterecon</A> software and surface extraction with Iris Explorer.   
<A HREF="mito/smoothv1.wrl"> Smaller smoothed version</A> (721Kb)
Data are from: Dr. Carmen Mannella. 
<BR CLEAR=LEFT>
<P>
<HR>

<A HREF="r70s/35mtp.wrl"><IMG BORDER=2 SRC="r70s/70s.gif" ALIGN="LEFT"></A>
<H3> 70S Ribosome (1.4Mb)</H3>
70S ribosome from <I>E. coli</I>. The 50S subunit (blue) is attached to
30S subunit (eggshell).  An mRNA strand (brown) is shown passing 
through the ribosome and interacting with two tRNA molecules 
(magenta & green).  Two alternative paths (yellow) for polypeptide exit are
shown.   The ribosome model was reconstructed from 4300 
cryo-EM projections using the <A HREF="http://www.wadsworth.org/spider_doc/spider/docs/spider.html">
SPIDER</A> software.  
<A HREF="./r70s/details.html"><STRONG>Details</STRONG></A>.  
<A HREF="r70s/all.wrl">  Faster Non-interactive version </A> (1.1Mb) 
Data are from: Dr. Joachim Frank. &copy All rights reserved.
<br clear=left>

<p>
<HR>
<A HREF="b01/all_v.wrl"><IMG BORDER=2
SRC="b01/b01.gif" ALIGN="LEFT"></A>
<h3> Astrocyte (133Kb)</h3> 
An astrocyte (light blue) with contained nucleus (green). 
Astrocytes are accessory cells found in the nervous system. 
Reconstruction made from serial section electron 
micrographs using the  
<A HREF="http://www.wadsworth.org/spider_doc/sterecon/sterecon.html">
<STRONG>Sterecon</STRONG></A> system.  
Data are from: Michael Marko. 
<br clear=left>
<p>

<HR>
<A HREF="parsons/cm14.wrl"><IMG BORDER=3
SRC="parsons/cm14.gif" ALIGN="LEFT"></A>
<h3> Metastasizing tumor cell (260Kb )</h3>
A murine breast cancer cell (green) which is metastasizing through
a fibrous layer in the peritoneum (red) by "squeezing" through
openings in the fibrous layer.  The cell's nucleus is shown also
shown (blue).  Reconstruction made from serial section electron 
micrographs using the 
<A HREF="http://www.wadsworth.org/spider_doc/sterecon/sterecon.html">
<STRONG>Sterecon</STRONG></A> system.  
Data are from: Dr. Donald Parsons.
<br >
<P>

<HR>
<A HREF="henick/all.wrl"><IMG BORDER=2
SRC="henick/henick.gif" ALIGN="LEFT"></A>
<H3> Developing Mouse Thorax (1.0 Mb)</H3> 
Thorax region of a developing mouse embryo.  The cartilagenous
branchial loops are shown (green) as well as the endoplasmic
layer (light blue) which develops into the esophagus, lungs, etc. 
Reconstruction made from serial section light 
micrographs using the 
<A HREF="http://www.wadsworth.org/spider_doc/sterecon/sterecon.html">
<STRONG>Sterecon</STRONG></A> system. 
Data are from: Dr. David Henick.</DL>
<BR CLEAR=LEFT>

</BODY>

Send comments to us at archive@iubio.bio.indiana.edu