codon usage, nuclear genes

Dr. David Roos droos at sas.upenn.edu
Tue Mar 4 14:01:02 EST 1997


Just in case anyone's interested, this same web site

<http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/codon.html>

also has a compilation of codon usage in nuclear genes of C. reinhardtii:

Chlamydomonas reinhardtii [gbpln]: 170 CDS's (57759 codons)

fields: [triplet] [frequency: per thousand] ([number])


UUU  4.9(   285)  UCU  4.8(   278)  UAU  2.8(   162)  UGU  2.0(   114)
UUC 29.2(  1685)  UCC 15.9(   920)  UAC 24.3(  1404)  UGC 14.7(   851)
UUA  1.5(    87)  UCA  2.3(   131)  UAA  2.0(   118)  UGA  0.4(    25)
UUG  2.7(   157)  UCG 17.6(  1019)  UAG  0.4(    25)  UGG 12.3(   708)

CUU  4.4(   256)  CCU  6.6(   379)  CAU  2.5(   145)  CGU  6.7(   386)
CUC 11.3(   655)  CCC 29.5(  1704)  CAC 15.7(   907)  CGC 39.5(  2284)
CUA  2.4(   138)  CCA  3.5(   204)  CAA  3.8(   221)  CGA  1.4(    79)
CUG 64.3(  3713)  CCG 13.6(   786)  CAG 33.2(  1920)  CGG  7.5(   435)

AUU 11.3(   651)  ACU  6.1(   350)  AAU  2.7(   157)  AGU  2.0(   113)
AUC 31.0(  1791)  ACC 33.9(  1958)  AAC 32.1(  1855)  AGC 18.1(  1045)
AUA  1.1(    62)  ACA  3.4(   195)  AAA  2.2(   129)  AGA  0.7(    38)
AUG 25.7(  1485)  ACG 13.0(   750)  AAG 59.8(  3452)  AGG  2.0(   118)

GUU  5.8(   334)  GCU 19.0(  1099)  GAU  8.2(   472)  GGU 11.3(   654)
GUC 17.3(   998)  GCC 54.5(  3145)  GAC 44.1(  2550)  GGC 58.2(  3360)
GUA  2.1(   121)  GCA  6.5(   374)  GAA  2.6(   153)  GGA  2.9(   166)
GUG 47.5(  2745)  GCG 27.8(  1603)  GAG 58.4(  3371)  GGG  4.9(   284)


Coding GC 63.99% 1st letter GC 61.71% 2nd letter GC 44.24% 3rd letter GC 86.02%






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