codon usage table

Dr. David Roos droos at sas.upenn.edu
Tue Mar 4 09:42:49 EST 1997


>From <http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/codon.html>

Chloroplast Chlamydomonas reinhardtii [gbpln]: 68 CDS's (18856 codons)

fields: [triplet] [frequency: per thousand] ([number])


UUU 33.4(   629)  UCU 17.3(   326)  UAU 23.5(   443)  UGU  7.4(   140)
UUC 17.9(   337)  UCC  3.3(    62)  UAC 11.4(   215)  UGC  1.9(    36)
UUA 75.8(  1429)  UCA 22.3(   420)  UAA  2.8(    53)  UGA  0.2(     3)
UUG  4.9(    92)  UCG  4.2(    80)  UAG  0.5(    10)  UGG 14.0(   264)

CUU 14.6(   276)  CCU 15.1(   284)  CAU 10.0(   189)  CGU 31.4(   592)
CUC  1.1(    20)  CCC  3.9(    73)  CAC  8.3(   157)  CGC  4.1(    77)
CUA  6.6(   125)  CCA 24.1(   454)  CAA 38.1(   718)  CGA  3.1(    58)
CUG  4.8(    90)  CCG  2.6(    49)  CAG  4.1(    78)  CGG  0.6(    11)

AUU 47.7(   899)  ACU 23.8(   449)  AAU 41.1(   775)  AGU 16.3(   307)
AUC  9.5(   180)  ACC  5.7(   107)  AAC 19.9(   376)  AGC  5.7(   107)
AUA  7.3(   137)  ACA 31.9(   601)  AAA 63.7(  1201)  AGA  5.3(    99)
AUG 22.1(   416)  ACG  4.0(    76)  AAG  7.5(   141)  AGG  1.0(    18)

GUU 29.4(   555)  GCU 35.5(   669)  GAU 24.0(   453)  GGU 43.4(   819)
GUC  3.0(    57)  GCC  6.9(   131)  GAC 11.1(   209)  GGC  6.2(   116)
GUA 27.3(   514)  GCA 20.8(   392)  GAA 40.7(   767)  GGA  7.9(   149)
GUG  5.3(    99)  GCG  3.6(    67)  GAG  5.9(   112)  GGG  3.6(    68)


Coding GC 34.41% 1st letter GC 44.70% 2nd letter GC 37.68% 3rd letter GC 20.85%







More information about the Chlamy mailing list