IUBio GIL .. BIOSCI/Bionet News .. Biosequences .. Software .. FTP
<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph
        {mso-style-priority:34;
        margin-top:0in;
        margin-right:0in;
        margin-bottom:0in;
        margin-left:.5in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.Section1
        {page:Section1;}
 /* List Definitions */
 @list l0
        {mso-list-id:128592530;
        mso-list-type:hybrid;
        mso-list-template-ids:-1931020952 533091546 67698713 67698715 67698703 67698713 67698715 67698703 67698713 67698715;}
@list l0:level1
        {mso-level-text:"\(%1\)";
        mso-level-tab-stop:none;
        mso-level-number-position:left;
        text-indent:-.25in;}
ol
        {margin-bottom:0in;}
ul
        {margin-bottom:0in;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal>I was looking for help on how to use data from 240S Illumina
chips for linkage. I ran a family on these chips which genotype 240,000 SNPs across
the genome. Unfortunately none of the linkage programs that I have looked at are
able to handle this amount of data. Even SNPlink which is designed to cut down
the large numbers of SNPs does not work with such a large dataset. One approach
that I was thinking of following is to match the SNPs on Illumina&#8217;s
linkage panel V to the SNPs that I have generated using the 240S SNP chip. Problem
is that not all of the linkage panel V SNPs are on the 240S Illumina SNP chip,
so I may have to take nearby SNPs. My questions are as follows:<o:p></o:p></p>

<p class=MsoListParagraph style='text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1'><![if !supportLists]><span
style='mso-list:Ignore'>(1)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span><![endif]>Has anyone any experience with using 240S or 550K
Illumina SNP chips for linkage studies?<o:p></o:p></p>

<p class=MsoListParagraph style='text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1'><![if !supportLists]><span
style='mso-list:Ignore'>(2)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span><![endif]>Does anyone have a list of SNPs on the 240S SNP chip
that they know work for linkage?<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Many thanks in advance,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Best,<o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal>Bryan<o:p></o:p></p>

</div>

</body>

</html>
Send comments to us at archive@iubio.bio.indiana.edu