Graph analysis programs suitable for FACS

Ian A. York iayork at panix.com
Wed Oct 1 13:16:45 EST 1997


I have FACS tracings (from a Becton-Dickinson FACScalibur machine, with
CellQuest for the analysis) and I'd like to do some slightly more
sophisticated analysis of them.  Here's my problem:  My cells are
biphasic (the "High" and "Low" populations can't be distinguished by other
antibodies); the curves of the two populations are overlapping; but I'd
like to get some reasonably accurate stats on the two populations.

ASCII graphic example:
                       ###                       
                     ########                    ##
                   #############               ######
                  ################            #########
                 ###################         ###########
                ##########################################
               #############################################
              ###############################################  
             ##################################################
           ######################################################
          #########################################################
        #############################################################
      ##################################################################

I'd like to be able to pull this apart into the two normal curves that are
here smooshed together and then find out, like, the mean for each. 

                       ###                       
                     ########               
                   #############             
                  ################           
                 ##################         
                ####################
               ######################
              ########################
             ##########################
           ##############################
          #################################
        ####################################
      ########################################

CellQuest lets me find the mean for each half, but that isn't going to be
accurate because it assumes there's a flat cutoff on each.
                  ###                       
                ########                           ##
              #############                      ######
             ################                   #########
            ###################                ###########
           #######################        ###################
          ########################       #####################
         #########################       ######################  
        ##########################       #######################
      ############################       #########################
     #############################       ##########################
   ###############################       ############################
 #################################       ##############################


I don't know if this is mere incoherent babbling or if I'm making myself
clear, but I'd appreciate suggestions.  

Ian

-- 
      Ian York   (iayork at panix.com)  <http://www.panix.com/~iayork/>
      "-but as he was a York, I am rather inclined to suppose him a
       very respectable Man." -Jane Austen, The History of England



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