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Yersinia:<br>
<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>Vitek or
API should have <i>Vibrio</i> and a variety of spirilla in their
databases.&nbsp; I am less sure of <i>Oceanospirillum</i>, but the bug
seems to be fairly easy to ID using microscope, a couple of biochem tests
and Bergey's (I've never done it myself though).&nbsp; Cyanobacteria
present a REAL problem.&nbsp; Over the past 30-40 years, no consensus has
been reached on the identification of cyanobacteria.&nbsp; Taxonomists of
the Botanical School of Thought have been replaced by microbiologists,
who re-classified blue-green algae as cyanobacteria and keep reassigning
genera almost daily.&nbsp; As it stands now, cyanobacteriologists do not
classify down to species -- genus and strain are deemed to be
sufficient.&nbsp; With the last representatives of the Botanical School
coming off the science scene, we will lose our ability to identify this
group of microorganisms down to species.&nbsp; This may answer one part
of your question.<br>
<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>Identification,
to genus, of cyano<b>bacteria</b> is done by microscopy alone.&nbsp; This
is probably due to the fact that all cyanobacteria are phototrophic, with
many of them being photoautotrophic.&nbsp; Therefore, sugar fermentation
is not a good diagnostic feature.&nbsp; The trick is that depending on
the growth conditions cyanobacteria may change morphology.&nbsp; So,
microscopy alone can also lead to mis-ID'ing.&nbsp; The 16S is of a
little help, since narrow-filaments cluster with unicells, some
halophilic unicells cluster together, apart from freshwater unicells,
etc.&nbsp; In addition, making axenic cultures is more than a pain --
sometimes cyanos refuse to live without symbionts.&nbsp; If I ever wanted
to make someone desperate, miserable and lose self-esteem, I would have
offered cleaning environmental cultures of cyanobacteria to
axenity.&nbsp; (Dutch -- if you are still following -- do not try to do
this at school!)<br>
<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab>On a
personal note, Yersinia, I wonder what you are doing now and how soon you
plan to graduate.&nbsp; Please drop me a note -- we may have an interest
in getting an intern (does not require a degree) sometime in the
future.&nbsp; <br>
Tanya<br>
<x-tab>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</x-tab><br>
<blockquote type=cite cite>I'm positive that no high school science lab
would have a Vitek or API <br>
strips on hand, and I doubt either of those systems would be of much use
<br>
in ID'ing many of the bugs found in the fishtanks, BUT....they do have
<br>
the chemical reaction wells, so do you think it would be possible to just
<br>
run the &quot;weird&quot; bugs through and use a combination of cell
morphology as <br>
seen through the microscope with the lists of reactions in Bergey's to
<br>
make the ID at least to genus level? For instance, a bug that ferments
<br>
glucose will still ferment the glucose in an API strip, even if the rest
<br>
of the reactions on the strip produce an ID not found in their database
<br>
(but might be used with that Bergey's to make, or disprove an ID)? Just
<br>
my own curiosity on this one, mind you - I doubt this will help Dutch,
<br>
and even my COLLEGE micro lab didn't have a Vitek or API strips, and we
<br>
never came close to doing anything like this in the course.<br>
<br>
~Yersinia.<br>
<br>
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</blockquote></html>

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