IUBio Biosequences .. Software .. Molbio soft .. Network News .. FTP

Last year, we published(*) a new software to compare phylogenetic trees that may be useful for your project. The program is called TOPD/FMTS and it&#39;s freely available at <a href="http://genomes.urv.es/topd">http://genomes.urv.cat/topd</a>.<br>
<br><br>(*) Puigbo P, Garcia-Vallve S, McInerney JO. Bioinformatics, 2007. 23:1556-1558.<br><br><br><br><div class="gmail_quote">2008/11/18  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:areitzel@whoi.edu">areitzel@whoi.edu</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">I am interested in comparing phylogenetic distances between two trees. &nbsp;The two<br>
trees are likelihood trees for different proteins, but each tree has the same<br>
taxa to facilitate pairwise comparisons. &nbsp;I was hoping someone could give me<br>
some advice on how to compare these two distance matrices. &nbsp;The trees do not<br>
have the same topology so the order of the taxa varies between the distance<br>
matrices for the two proteins. &nbsp;The goal for this project is to test for<br>
co-evolution of the two proteins via regression. &nbsp;Thanks in advance for any<br>
assistance.<br>
<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------<br>
This message was sent using IMP, the Internet Messaging Program.<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Mol-evol mailing list<br>
<a href="mailto:Mol-evol@net.bio.net">Mol-evol@net.bio.net</a><br>
<a href="http://www.bio.net/biomail/listinfo/mol-evol" target="_blank">http://www.bio.net/biomail/listinfo/mol-evol</a><br>
</blockquote></div><br>

Send comments to us at biosci-help [At] net.bio.net