IUBio Biosequences .. Software .. Molbio soft .. Network News .. FTP

<span style="font-family: sans-serif; font-size: medium;"><h2><span style="font-size: small;"><font face="&#39;comic sans ms&#39;, sans-serif">The UCSC genome browser database: update 2010</font></span></h2>
<div><span style="font-size: small;"><font face="&#39;comic sans ms&#39;, sans-serif">Nucleic Acids Research, doi:10.1093/nar/gkp939</font></span></div><div><font face="&#39;comic sans ms&#39;, sans-serif"><span style="font-size: small;"><br>

</span></font></div><div><span style="font-size: small;"><font face="&#39;comic sans ms&#39;, sans-serif">..I
think they have implemented the phyloP conservation scores...though I
am not sure about it since I have not browsed it yet...however if they
have implemented the phyloP scores then you will get the amount of
conservation among the species for genes and also for sites I think,</font></span></div>
<div><span style="font-size: small;"><font face="&#39;comic sans ms&#39;, sans-serif">thanks,</font></span></div><div><span style="font-size: small;"><font face="&#39;comic sans ms&#39;, sans-serif">Siby</font></span></div>
</span><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 1, 2010 at 1:39 AM, Don Gilbert <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gilbertd@bio.indiana.edu">gilbertd@bio.indiana.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
THe various protein databases do clustering of genes.<br>
You might want to use the number of species or gene copies in a gene cluster<br>
as a measure of convervation.  E.g. Uniprot&#39;s UniRef data set.<br>
<br>
<a href="http://www.uniprot.org/uniref/?query=histone&amp;sort=score" target="_blank">http://www.uniprot.org/uniref/?query=histone&amp;sort=score</a><br>
        (max 5,345 genes at 50% identity)<br>
versus<br>
<a href="http://www.uniprot.org/uniref/?query=obp&amp;sort=score" target="_blank">http://www.uniprot.org/uniref/?query=obp&amp;sort=score</a><br>
        (max 23 genes at 50% id)<br>
<br>
-- Don<br>
<br>
On 2010-01-27, Sidney Cambridge &lt;<a href="mailto:cambridge@ana.uni-heidelberg.de">cambridge@ana.uni-heidelberg.de</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Dear all,<br>
&gt;<br>
&gt; I hope my question is not too trivial....<br>
&gt; I am looking for a quantitative measure of the degree of genetic<br>
&gt; conservation - basically attaching a high value to highly conserved<br>
&gt; genes such as histones and low values to genes that are not very<br>
&gt; conserved. Ideally there would be a database for all genes of the<br>
&gt; mouse or human genome with a &#39;conservation&#39; value for each gene.<br>
&gt;<br>
&gt; Does something like this exist ?<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you very much in advance !<br>
&gt;<br>
&gt; Best,<br>
&gt; Sidney<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Mol-evol mailing list<br>
<a href="mailto:Mol-evol@net.bio.net">Mol-evol@net.bio.net</a><br>
<a href="http://www.bio.net/biomail/listinfo/mol-evol" target="_blank">http://www.bio.net/biomail/listinfo/mol-evol</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Siby Philip<br>Doctoral Research Fellow,<br>Laboratory of Ecotoxicology, genomics and Evolution,<br>Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental,<br>Rua dos Bragas,<br>
Porto,<br>Portugal.<br><br>and also at<br><br><a href="http://crgkerala.org/siby.html">http://crgkerala.org/siby.html</a><br>

Send comments to us at biosci-help [At] net.bio.net