IUBio GIL .. BIOSCI/Bionet News .. Biosequences .. Software .. FTP

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><meta name="ProgId" content="Word.Document"><meta name="Generator" content="Microsoft Word 11"><meta name="Originator" content="Microsoft Word 11"><link rel="File-List" href="file:///C:%5CUsers%5Ckropinsk%5CAppData%5CLocal%5CTemp%5Cmsohtml1%5C01%5Cclip_filelist.xml"><!--[if gte mso 9]><xml>
 <w:WordDocument>
  <w:View>Normal</w:View>
  <w:Zoom>0</w:Zoom>
  <w:PunctuationKerning/>
  <w:ValidateAgainstSchemas/>
  <w:SaveIfXMLInvalid>false</w:SaveIfXMLInvalid>
  <w:IgnoreMixedContent>false</w:IgnoreMixedContent>
  <w:AlwaysShowPlaceholderText>false</w:AlwaysShowPlaceholderText>
  <w:Compatibility>
   <w:BreakWrappedTables/>
   <w:SnapToGridInCell/>
   <w:WrapTextWithPunct/>
   <w:UseAsianBreakRules/>
   <w:DontGrowAutofit/>
  </w:Compatibility>
  <w:BrowserLevel>MicrosoftInternetExplorer4</w:BrowserLevel>
 </w:WordDocument>
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <w:LatentStyles DefLockedState="false" LatentStyleCount="156">
 </w:LatentStyles>
</xml><![endif]--><style>
<!--
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {mso-style-parent:"";
        margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:12.0pt;
        font-family:Arial;
        mso-fareast-font-family:"Times New Roman";
        mso-bidi-font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;
        text-underline:single;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;
        text-underline:single;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;
        mso-header-margin:36.0pt;
        mso-footer-margin:36.0pt;
        mso-paper-source:0;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style><!--[if gte mso 10]>
<style>
 /* Style Definitions */
 table.MsoNormalTable
        {mso-style-name:"Table Normal";
        mso-tstyle-rowband-size:0;
        mso-tstyle-colband-size:0;
        mso-style-noshow:yes;
        mso-style-parent:"";
        mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt;
        mso-para-margin:0cm;
        mso-para-margin-bottom:.0001pt;
        mso-pagination:widow-orphan;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Times New Roman";
        mso-ansi-language:#0400;
        mso-fareast-language:#0400;
        mso-bidi-language:#0400;}
</style>
<![endif]-->

<p class="MsoNormal"><span style="">Panseq (<a href="http://76.70.11.198/claing/panseq/panseq_home.cgi">http://76.70.11.198/claing/panseq/panseq_home.cgi</a>)
- a group of tools, developed by <em><span style="font-family: Arial; font-style: normal;">Chad Laing (Public Health Agency of Canada)</span></em><i style=""> <span style="">&nbsp;</span></i>for
the analysis of the 'pan genome' of a group of genomic sequences. The
pan-genome of a bacterial species consists of a core genome and an accessory
gene pool, the latter of which allows subpopulations of the organism to adapt
to specific environments. These include “Novel Region Finder”, which will find
sequences that are unique to a strain or group of strains with respect to
another strain or group of strains. “Core/Accessory Genome Analysis” will
define the core and accessory genome of a group of strains, based on the user
configurable parameters of region size and percent sequence identity. Outputs
of this feature include concatenated core genomes for each sequence examined, a
tab-delimited table depicting the presence / absence of each accessory region
among all the sequences examined, a tab-delimited table depicting each SNP
among all the sequences examined and NEXUS format files of both the core and
accessory genome. “Loci Selector” determines the most variable and
discriminatory loci from a group.&nbsp;<o:p></o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style=""><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="">This site can also
be accessed at: http//molbiol-tools.ca/Genomics.htm<o:p></o:p></span></p>

<br><br>Andrew M. Kropinski<br>Research Scientist &amp; Program Lead, Host &amp; Pathogen Determinants, Laboratory for Foodborne Zoonoses<br>Adjunct Professor , Microbiology &amp; Immunology, Queen's University<br>Adjunct Professor, Molecular &amp; Cellular Biology, University of Guelph<br><br>URL: Online Analysis Tools (http://molbiol-tools.ca)<br><br>

Send comments to us at archive@iubio.bio.indiana.edu