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[Joel Baguet]

Difficile de répondre comme cela
essayez en acide acétique (pH plus acide que 7,5)
essayez aussi des gels moins denses (5%) ou agarose
essayez des détergents non ioniques (Triton X100, ...)
en native tout joue PM, forme, charge, liaison avec les autres protéines
en désespoir de cause passez à une autre forme d'électrophorèse ^par 
exemple isoélectrofocalisation sur IPG ou non (Pharmacia)