IUBio Biosequences .. Software .. Molbio soft .. Network News .. FTP

<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span></span>Dear all</div><div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"><div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"><div id="yiv1366927778"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;"><div><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;">I'm doing co-Immunoprecipitation experiments in yeast (s. cerevisae) and I think the interaction I see between my two favorite proteins is bridge by mRNA (because both are able to bind RNA). <br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times,
 serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;">I'm looking for a protocol to perform RNAse treatment of my extracts before IP. <br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);
font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;">First I plan to go with RNAse A but someone advices me to not used it because it could not degrade poly(A)tail protected by the poly(A) binding protein and mRNA in the closed loop conformation. I'm very surprised because RNase A seems to be communly used for this application. <br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;">&nbsp;I have several questions :</div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times
 new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;">- does anybody already have trouble degrading mRNA with&nbsp; RNAse A?&nbsp;</div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;">- Could you recommend another RNAse (micrococcal nuclease may be?)? <br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;
font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;">- If RNAse A is fine, does anybody have a protocole with the quantity I should use? My IP experiments are performed in a volume of 1ml with yeast extract at 2 mg/ml (assayed in bradford) in buffer TrisHcl pH 7.4 10 mM, MgCl2 30 mM, NaCl 100 mM, Triton 0.01%.&nbsp;</div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;">Thank you very much for your help</div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times,
 serif;background-color:transparent;font-style:normal;">Stephanie <br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><span style="font-size:13px;font-family:Verdana;color:#000000;background-color:transparent;font-weight:normal;font-style:normal;font-variant:normal;text-decoration:none;vertical-align:baseline;" id="yiv1366927778internal-source-marker_0.335758144198571">Stephanie Kervestin</span><br><span style="font-size:13px;font-family:Verdana;color:#000000;background-color:transparent;font-weight:normal;font-style:normal;font-variant:normal;text-decoration:none;vertical-align:baseline;">IBPC-UPR 9073</span><br><span
 style="font-size:13px;font-family:Verdana;color:#000000;background-color:transparent;font-weight:normal;font-style:normal;font-variant:normal;text-decoration:none;vertical-align:baseline;">13 rue Pierre et Marie Curie</span><br><span style="font-size:13px;font-family:Verdana;color:#000000;background-color:transparent;font-weight:normal;font-style:normal;font-variant:normal;text-decoration:none;vertical-align:baseline;">75005 Paris</span><br><span style="font-size:13px;font-family:Verdana;color:#000000;background-color:transparent;font-weight:normal;font-style:normal;font-variant:normal;text-decoration:none;vertical-align:baseline;"></span><br><span style="font-size:13px;font-family:Verdana;color:#000000;background-color:transparent;font-weight:normal;font-style:normal;font-variant:normal;text-decoration:none;vertical-align:baseline;">33-1-58-41-51-53</span><br><span
 style="font-size:13px;font-family:Verdana;color:#000000;background-color:transparent;font-weight:normal;font-style:normal;font-variant:normal;text-decoration:none;vertical-align:baseline;">Stephanie.Kervestin@gmail.com/Stephanie.Kervestin@ibpc.fr</span><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><br></div><div style="color:rgb(0, 0, 0);font-size:16px;font-family:times new roman, new york, times, serif;background-color:transparent;font-style:normal;"><br> </div></div></div></div><br><br> </div> </div>  </div></body></html>

Send comments to us at biosci-help [At] net.bio.net