(no subject)

[Arnaud Chatonnet]

Xavier Cousin wrote:
> 
> Hello, I'm looking for a codon usage table for bovine. Who knows about it ?
> 
> Thanks
> 
> xavier
> --
> ------------------------------------------------
> Xavier Cousin           xcousin at pasteur.fr
> 
> Unite des Venins        tel : (33 1) 45 68 86 30
> Institut Pasteur        fax : (33 1) 40 61 30 57
> 25 rue du Dr Roux
> 75724 Paris cedex 15
> ------------------------------------------------
there is a server in japan
http://www.dna.affrc.go.jp
here is a table i found for bos taurus
Bos taurus [gbmam]: 902 CDS's (356322 codons) 

fields: [triplet] [frequency: per thousand] ([number]) 


UUU 16.0(  5684)  UCU 12.4(  4413)  UAU 11.6(  4149)  UGU  9.9(  3520)
UUC 24.4(  8699)  UCC 17.5(  6242)  UAC 19.8(  7038)  UGC 13.7(  4875)
UUA  5.0(  1798)  UCA  8.9(  3184)  UAA  0.8(   279)  UGA  1.2(   441)
UUG 11.1(  3960)  UCG  4.8(  1696)  UAG  0.6(   208)  UGG 13.6(  4859)

CUU 10.9(  3894)  CCU 14.4(  5138)  CAU  7.9(  2799)  CGU  4.0(  1440)
CUC 20.3(  7246)  CCC 20.2(  7186)  CAC 14.5(  5179)  CGC 11.1(  3940)
CUA  5.3(  1880)  CCA 14.1(  5028)  CAA  9.8(  3480)  CGA  5.6(  2011)
CUG 43.4( 15465)  CCG  7.7(  2730)  CAG 32.9( 11720)  CGG 11.2(  3984)

AUU 14.9(  5314)  ACU 11.4(  4048)  AAU 14.8(  5277)  AGU  9.3(  3329)
AUC 26.3(  9369)  ACC 21.5(  7668)  AAC 23.0(  8203)  AGC 18.3(  6520)
AUA  6.2(  2205)  ACA 12.9(  4610)  AAA 22.7(  8092)  AGA 10.3(  3656)
AUG 22.9(  8174)  ACG  7.7(  2732)  AAG 36.4( 12977)  AGG 11.2(  3976)

GUU 10.0(  3552)  GCU 17.6(  6271)  GAU 21.3(  7603)  GGU 11.2(  3994)
GUC 16.7(  5958)  GCC 31.5( 11221)  GAC 29.8( 10622)  GGC 25.8(  9209)
GUA  5.9(  2107)  GCA 13.4(  4766)  GAA 26.1(  9299)  GGA 16.6(  5910)
GUG 32.1( 11422)  GCG  8.4(  2980)  GAG 41.7( 14847)  GGG 17.5(  6246)

good luck
Arnaud
Bonjour aussi!!
-- 
Arnaud Chatonnet
Departement de physiologie animale
Institut National de la Recherche Agronomique
place Viala
34060 Montpellier cedex
FRANCE
Tel (33) 67 61 26 77
Fax (33) 67 54 56 94
E mail chatonne at ensam.inra.fr
http://ensam.inra.fr/cholinesterase